雍正朝服像轴（收藏于故宫博物院）
上接34版
有入祀者因罪被撤出
清朝时，贤良祠的所有开支由朝廷财政支付，管理、修缮、维护均有朝廷承担。清代规定：承担皇家坛庙日常看护、清扫等劳役，由顺天府从所属州县内的农户中派遣，每年轮换。贤良祠创建初期，顺天府分派有庙户三十户负责日常的维护。乾隆六年（1741），礼部商定，裁减各坛庙的劳役，此后陆续减为二十户。
朝廷认可的“忠臣”入祀后，也有因违纪和涉嫌犯罪而被撤出者，乾隆二年的状元于敏中就是一例。于敏中23岁时被乾隆钦点为状元，后官拜文华殿大学士兼首席军机大臣，在朝42年，身兼多项重职。他病逝后，乾隆帝曾下诏入祀贤良祠，封谥号“文襄”。但是，1786年浙江巡抚王亶望、陕甘总督勒尔谨的贪腐旧案败露，后被查出此案的最大元凶竟是于敏中。乾隆盛怒，将于敏中的罪责公布于众，并将其撤出贤良祠，还剥夺了其子孙世职，以警戒后人。
当然，也有受牵连而被从贤良祠撤出的无辜者。清乾隆年间，鄂尔泰受门生胡中藻牵连，被撤出贤良祠。乾隆下密旨严查胡中藻在任广西学府期间的试题和诗文时，查出胡文藻的《坚磨生诗钞》中有一句“一把心肠论浊清”，认为这是侮辱大清之意。就这句望文生义的“文字狱”，胡中藻就被判处斩。鄂尔泰因是胡中藻之师被牵连，其灵位从贤良祠中撤出。
不仅是京城建有贤良祠，各省省会也依例兴建。据《清史稿》，雍正十年，皇帝诏书：“各省会地建祠宇，凡外任文武大臣，忠勇威爱，公论允翕者，俾膺祀典，用劝在官。如将军蔡良，提督张起云，总兵苏大有、魏翥国，足称斯选。”自此就有了定制，各省的省会也建有贤良祠，用来祭祀各省“忠勇威爱，公论允翕”之地方众文武官员。比如原直隶省唯一的贤良祠建于雍正十年（1732），具体位置在保定市西大街629号。保定贤良祠祭祀直隶省范围内的地方官员，入祀者有梁清标、于成龙、李光地、总兵赵文栋、总督李卫等官员。
贤良祠是清雍正朝建立的国家祭祀场所，每年的春、秋仲月，朝廷的官员们都要到贤良祠祭祀皇帝钦命的这些对朝廷做出贡献者。这是每一位入祀者的殊荣，也是他们家属的荣耀。雍正帝对入祀者有特殊的尊重，要求对他们的功绩立传。《清实录雍正朝实录》一百二十四卷：“贤良祠之王大臣、应各立小传。以纪生平事迹。”清乾隆时，由翰林院下属的国史馆做此项工作，直到宣统三年（1911年），国史馆由北洋政府接管，之后国史馆改名为清史馆。
各地还建有不少双忠祠
乾隆帝即位后，就下旨对入祀贤良祠的王公大臣赐予谥号。谥号为两个字，大多数人的谥号一般都有“文”字。汉族大学士重视“文正”“文忠”谥号，而满族大学士看重“文靖”和“文襄”谥号。
入祀贤良祠的人中也有同时享用其他荣誉者。如：同时入祀昭忠祠、入祀各地贤良祠、入祀太庙以及建立专祠等。允祥、张廷玉、福康安等入祀太庙。曾国藩、左宗棠、曾国荃等同时入祀昭忠祠。立专祠中，最为英勇壮烈的是傅清、拉布敦。傅清在乾隆初年任直隶天津镇总兵，后来以都统身份出任驻藏大臣。在西藏期间，傅清与拉布敦在平定珠尔默特那木札勒叛乱时，遭叛军围攻至死。乾隆为他们英勇奋战、为朝廷捐躯所感动，特为他们在崇文门内建双忠祠，《清史稿》列传九十九：“‘揆情审势，决计定谋，心苦而功大’。傅清追封一等伯，谥襄烈，旋命立祠通司冈。丧还，上临奠。其子孙以一等子世袭，赐白金万。傅清、拉布敦，建祠京师，命曰双忠。”同治年间的曾国藩，光绪年间的左宗棠、曾国荃、李鸿章等都有皇帝批准建专祠等。
双忠祠在各地建有不少。比如扬州的双忠祠坐落在双忠祠巷，内祀南宋抗元民族英雄李庭芝、姜才。潮阳的“双忠祠”祭祀唐代名将张巡和许远，他们都是韩愈《张中丞传后叙》中的人物，是安史之乱时保卫睢阳城的英雄。济南的双忠祠是为纪念明末抗清英雄、与清军殊死搏斗的山东巡抚宋学朱和历城知县韩承宣建立的。颇有讽刺意味的是，清政府在巩固了对全中国的统治后，为了“教忠教孝”，反倒褒扬一些抗清明臣。康熙时，宋学朱的儿子宋德宜任清廷大学士、吏部尚书，韩承宣的儿子韩世奇任湖南偏沅巡抚。乾隆五十六年(1791)，朝廷还重修了济南双忠祠。
据《清实录》载：贤良祠的部分入祀者得到朝廷颁发的治丧银两，标准也不定，均根据皇帝的意愿，一般官位者去世后为一千两至两千两不等，与皇帝关系特殊或贡献大者会多得一些。银两的来源有皇家内库、广储司，有户部，也有地方藩库。由皇家内库支付的较多，这些皇帝私房钱一般赐赏给皇帝的眷属或中枢大臣们。地方藩库多支付给外派官员或封疆大吏。
清政府对贤良祠入祀者的后代也有额外的优待。《清史稿》：乾隆三年诏曰：“皇考酬庸念旧，立贤良祠于京师。凡我朝宣劳辅治完全名节之臣，永享禋祀，垂誉无穷。其子孙登仕籍者固多，或有不能自振、渐就零落者，朕甚悯焉。其旁求贤良子孙无仕宦者，或品级卑微者，各都统、督、抚，择其嫡裔，品行材质可造就者，送部引见加恩。”对入祀者后代优待的做法是激励其子孙努力进取，但他们后代有犯罪时，朝廷也会念及他们祖上的功劳，处罚会有所从轻。
随着清朝的灭亡，贤良祠的用途也多有改变。民国时期，贤良祠曾被改造，上世纪三十年代，贤良祠曾被宛平县借用过。解放后，贤良祠归为国有，隶属于全国妇联。之后，贤良祠也曾一度被同仁堂占用，现已腾退。已经腾退的殿堂和碑亭目前正在紧密地修葺中，工程预计需要两年的时间。
